Existem várias formas de realizar uma consulta em java, uma delas é através de NamedQuery que são consultas estáticas definidas na entidade.

Como Definir uma NamedQuery

...
import javax.persistence.NamedQueries;
import javax.persistence.NamedQuery;

@Entity
@NamedQueries({
        @NamedQuery(name = "Empresa.findByCnpj", query = "Select e from Empresa e where e.cnpj = :cnpj ")
})
public class Empresa {
    
    @Id
    private Long id;

    private String cnpj;
    
    ...
}

• @NamedQueries: Define uma área para criação de NamedQuery;
• @NamedQuery: Define uma NamedQuery;
• name: Define o nome da NamedQuery. Obs: por organização é bacana utilizar o Nome da entidade “.” o nome da NamedQuery(nomeEntidade.nomeQuery);
• query: A query em Java Persistence query language;

Como utilizar ?

public Empresa findByCnpj(String cnpj) {
        return getEntityManager().createNamedQuery(
                "Empresa.findByCnpj",  Empresa.class)
                .setParameter("cnpj", cnpj).getSingleResult();
    }

• getEntityManager().createNamedQuery: Usa o entityManager para criar uma NamedQuery;
• createNamedQuery(“Empresa.findByCnpj”, Empresa.class): o método createNamedQuery recebe o nome da NamedQuery e o tipo da classe de retorno da query;
• .setParameter: Como a query Empresa.findByCnpj exige um parametro(:cnpj) é necessário passar um valor por parametro;
• getSingleResult: Retorna o único valor query;

Porque utilizar NamedQuery ?

NamedQuery é uma maneira de simplificar e centralizar querys no projeto, de forma que ao abrir uma entidade é possível ter uma visão geral de seu impacto no sistema.

Quando utilizar NamedQuery ?

Sempre que possível! exceto em query que tenham lógica em parametros ex: if(cnpj != null) where cnpj = :cnpj