A partir da versão 3.1 do EJB é possível a utilização de recursos do EJB dentro de uma compactação .WAR, ou seja, é possível criar um projeto web que utilize EJB em apenas um projeto .WAR, segue a baixo a configuração de um projeto Maven que permite essa utilização :

pom.xml

<?xml version="1.0"?>
<project
        xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 
        http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd"
        xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" 
        xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
        <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
        
    <parent>
        <groupId>br.com.emmanuelneri</groupId>
        <artifactId>war-project</artifactId>
        <version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
    </parent>
        
    <artifactId>webApp</artifactId>
    <packaging>war</packaging>
    <name>Web App</name>

    <repositories>
        <repository>
            <id>maven2-repository.dev.java.net</id>
            <name>Java.net Repository for Maven</name>
            <url>http://download.java.net/maven/2</url>
        </repository>
    </repositories>

    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>javax</groupId>
            <artifactId>javaee-api</artifactId>
            <version>6.0</version>
            <scope>provided</scope>
        </dependency>        
    </dependencies>

    <build>
        <finalName>${project.artifactId}</finalName>
        <plugins>
            <plugin>
                <artifactId>maven-war-plugin</artifactId>
                <version>2.3</version>
                <configuration>
                    <failOnMissingWebXml>false</failOnMissingWebXml>
                </configuration>
           </plugin>
       </plugins>
    </build>

</project>

Para utilizar essa configuração, crie um projeto maven como o archetype id = maven-archetype-webapp e adicione 3 configurações listada a cima :

1. Configure um novo repositório para achar a dependência javaee-api,  caso não for adicionado o maven irá procurar no seu repositório padrão onde não se encontra essa lib.
2. Configure uma nova dependencia para adicionar recursos EJB no projeto, adicionando o lib javaee-api
3. Configure o plugin maven-war-plugin para gerar o projeto ser compilado em um arquivo .WAR